まず、デフォルトで存在する
/lib/Baser/View/Elements/paginations/
フォルダを
/app/webroot/theme/default(利用しているテーマ名)/Elements/
にコピーします。
paginationsフォルダの中には、
default.php とsimple.php があるとおもうので、どちらかを削除してどちらかを
blog.php とかにリネーム
<?php $this->BcBaser->pagination('blog'); ?>
といった形で、呼び出しをblogにしてあげれば、こちらのthemeの方のpaginationファイルが優先的によばれます。
blog以外でも、適当な名前でＯＫ，要は呼び出し元と呼び出すファイル名があってればＯＫ

/lib/Baser/View/Elements/paginations/test.php
/app/webroot/theme/default(利用しているテーマ名)/Elements/paginations/test.php
を
<?php $this->BcBaser->pagination('test'); ?>
でよびだすと、後者の
/app/webroot/theme/default(利用しているテーマ名)/Elements/paginations/test.php
が優先的によびだされるので、カスタマイズするときは基本的に、利用テーマのエレメンツフォルダに別名(simple.php, default.php以外)でファイルを作成するのがいいと思う。

あとは、これをガスガスカスタマイズするのですが、spanタグとかが入って上手く行かない場合少々強引な方法ですが、
$blog_paginate = $this->Html->tag('dd', $this->Paginator->numbers(〜〜〜〜〜〜);
$blog_paginate = str_replace('</span>','',$blog_paginate);
$blog_paginate = str_replace('<span>','',$blog_paginate);
echo $blog_paginate ;
とかの形で出力されたものにたいして、文字列置換をかけるのが美しくないけど手っ取り早いと思います。